Vào thời điểm này, Chu Toàn Trung cũng liên kết với tể tướng Thôi Dận, khi đang lánh nạn ở Hoa châu, Đường Chiêu Tông muốn cử Thôi Dận đến phương trấn, Thôi Dận liền dùng ảnh hưởng của Chu Toàn Trung để buộc Trấn Quốc[chú 29] tiết độ sứ Hàn Kiến và Đường Chiêu Tông phải để Thôi Dận ở lại trong triều.[27]

Trong khi đó, Hộ Quốc[chú 30] tiết độ sự Vương Kha và Bảo Nghĩa[chú 31] tiết độ sứ Vương Củng tranh giành quyền kiểm soát Hộ Quốc. Lý Khắc Dụng ủng hộ con rể Vương Kha, còn Chu Toàn Trung ủng hộ thân thích Vương Củng. Vào mùa xuân năm 897, Chu Toàn Trung khiển Trương Tồn Kính (張存敬) và Dương Sư Hậu (楊師厚) đem quân đi bao vây Hộ Quốc, song Lý Khắc Dụng lại khiển cháu là Lý Tự Chiêu (李嗣昭) đem quân đến cứu viện Hộ Quốc, kết quả quân Tuyên Vũ chiến bại và buộc phải bỏ bao vây.[27]

Sau khi Dương Hành Mật tiến công đồng minh của Chu Toàn Trung là Vũ Xương[chú 32] tiết độ sứ Đỗ Hồng; vào mùa thu năm 897, Chu Toàn Trung quyết định phát động một cuộc tiến công lớn nhằm vào Dương Hành Mật, mục đích là để chiếm Hoài Nam. Trong chiến dịch, Bàng Sư Cổ là tướng tiên phong, còn Chu Toàn Trung chỉ huy đại quân Tuyên Vũ. Chu Toàn Trung tập hợp binh sĩ hiện có; khiển Bàng Sư Cổ đem 7 vạn quân Tuyên Vũ và Vũ Ninh đến Thanh Khẩu[chú 33], giả bộ tiến đến thủ phủ Dương châu (揚州) của Hoài Nam; khiển Cát Tòng Chu đem quân Thiên Bình và Thiên Ninh đến An Phong[chú 34], giả bộ tiến đến Thọ châu[chú 35]; Chu Toàn Trung dẫn đại quân đến Túc châu. Người dân Hoài Nam quân rất sửng sốt và mất tinh thần khi biết quân của Chu Toàn Trung tiến đánh. Tuy nhiên, quân của Bàng Sư Cổ bị quân Hoài Nam tiêu diệt, Bàng Sư Cổ bị giết. Cát Tòng Chu cũng chiến bại trước tướng Chu Diên Thọ (朱延壽) của Hoài Nam. Hay tin cả hai bộ tướng đều thua trận, Chu Toàn Trung cũng triệt thoái. Trận chiến này do đó khẳng định quyền kiểm soát của Dương Hành Mật với vùng lãnh thổ nằm giữa Hoài Hà và Trường Giang. Trong khi đó, vào mùa xuân năm 898, theo thỉnh cầu của Chu Toàn Trung, Đường Chiêu Tông bổ nhiệm ông giữ chức tiết độ sứ của cả ba quân: Tuyên Vũ, Tuyên Nghĩa và Thiên Bình. Sau đó, Chu Toàn Trung kết hợp với quân Ngụy Bác, tiến công ba châu Hình (邢), Minh (洺), Từ (磁) của Chiêu Nghĩa nằm ở phía đông của Thái Hành Sơn (vùng Sơn Đông) do Lý Khắc Dụng kiểm soát, ba châu sớm thất thủ, Chu Toàn Trung cho Cát Tòng Chu giữ chức Chiêu Nghĩa lưu hậu, cai quản ba châu này.[27]

Đồng thời, sau khi Chu Toàn Trung chiến bại ở Thanh Khẩu, nhi tử và người kế nhiệm của Triệu Đức Nhân là Trung Nghĩa[chú 36] tiết độ sứ Triệu Khuông Ngưng (趙匡凝) quay sang liên kết với Dương Hành Mật. Chu Toàn Trung khiển Thị Thúc Tông (氏叔琮) và Khang Hoài Trinh (康懷貞) tiến công Trung Nghĩa, Triệu Khuông Ngưng lo sợ nên lại quay sang làm chư hầu của Chu Toàn Trung. Trong khi đó, Đường Chiêu Tông cố gắng hòa giải Lý Khắc Dụng và Chu Toàn Trung, Lý Khắc Dụng chấp thuận, song Chu Toàn Trung từ chối, hy vọng hòa bình cũng chấm dứt.[27]

Sau đó, Chu Toàn Trung phát hiện ra một chư hầu khác là Phụng Quốc tiết độ sứ Thôi Hồng (崔洪) có liên lạc với Dương Hành Mật. Ông khiển Trương Tồn Kính đem quân tiến công Thôi Hồng, Thôi Hồng lo sợ nên đành phải phái đệ là đô chỉ huy sứ Thôi Hiền (崔賢) đến chỗ Chu Toàn Trung làm con tin và đề nghị được hợp binh với Tuyên Vũ. Thoạt đầu, Chu Toàn Trung chấp thuận và triệu Trương Tồn Kính về, khi Chu Toàn Trung khiển Thôi Hiền quay trở lại Phụng Quốc để truyền lệnh Phụng Quốc gửi đồ tiếp tế cho quân Tuyên Vũ, các binh sĩ Phụng Quốc liền tiến hành binh biến, giết chết Thôi Hiền và buộc Thôi Hồng phải chạy trốn đến Hoài Nam.[27]

Vào mùa xuân năm 899, quân của Chu Toàn Trung phải giao chiến với đối thủ trên ba mặt trận: Lý Hãn Chi khi đó đoạt lấy nửa phía tây của Chiêu Nghĩa sau cái chết của bộ tướng Tiết Chí Cần (薛志勤) của Lý Khắc Dụng, Chu Toàn Trung phái binh đến tiếp viện cho Lý Hãn Chi; Lưu Nhân Cung sau khi đoạt được Lô Long[chú 37] và Nghĩa Xương[chú 38], quay sang tiến công Ngụy Bác, Chu Toàn Trung phái quân đi tiếp viện cho Ngụy Bác tiết độ sứ La Thiệu Uy (kế nhiệm La Hoằng Tín); Dương Hành Mật và Chu Cẩn thì tiến công Vũ Ninh. Cuộc tiến công của Dương Hành Mật có vẻ sớm tiêu tan, quân của Chu Toàn Trung giành thắng lợi trên cả hai mặt trận Chiêu Nghĩa và Ngụy Bác, tiêu diệt quân của Lưu Nhân Cung và buộc người này phải dừng cuộc tiến công Ngụy Bác, Lý Khắc Dụng cũng phải dừng tiến công Chiêu Nghĩa.[27]

Năm 900, khi Đường Chiêu Tông trở về Trường An, còn Thôi Dận mất chức tể tướng do áp lực từ các hoạn quan, Thôi Dận lại sử dụng ảnh hưởng của Chu Toàn Trung để phục chức và buộc đồng cấp là Vương Đoàn (王摶) cùng các hoạn quan Chu Đạo Bật (朱道弼) và Cảnh Vụ Tu (景務脩) phải chết.[28]

Cũng trong năm 900, Chu Toàn Trung phát động chiến dịch tiến công lên phía bắc, gây tổn thất nặng nề cho Lưu Nhân Cung, và buộc hai quân khác vốn liên minh lỏng lẻo với Lý Khắc Dụng: Thành Đức[chú 39] của Vương Dung, và Nghĩa Vũ[chú 40] của Vương Xử Trực, phải quy phục mình. Theo ghi chép, vào thời điểm này, toàn bộ các quân ở Hà Bắc đều quy phục Chu Toàn Trung.[28]

Vào cuối năm 901, các hoạn quan ở Trường An tiến hành binh biến, buộc Đường Chiêu Tông phải nhường ngôi lại cho thái tử Lý Dục. Các hoạn quan cũng muốn giết chết Thôi Dận, song vì lo sợ Chu Toàn Trung nên chỉ dám bãi chức Diêm-thiết chuyển vận sứ của ông ta. Trong khi đó, Thôi Dận bí mật liên lạc thư từ với Chu Toàn Trung, lập kế hoạch chống lại các hoạn quan. Chu Toàn Trung giam giữ các sứ giả của Lưu Quý Thuật (hoạn quan lãnh đạo binh biến), phái thuộc hạ là Lý Chấn đến Trường An để trực tiếp trao đổi với Thôi Dận về các hành động tiếp theo. Tuy nhiên, trước khi Chu Toàn Trung kịp có hành động, tại Trường An diễn ra phản binh biến vào đầu năm 902, Đường Chiêu Tông phục vị và sau đó phong cho Chu Toàn Trung tước Đông Bình vương.[28]

Vào mùa xuân năm 902, Chu Toàn Trung tập kích Hộ Quốc, nhanh chóng nắm quyền kiểm soát độc đạo giữa Hà Đông và Hộ Quốc, vì vậy Lý Khắc Dụng không thể cứu viện cho Vương Kha. Không được Lý Khắc Dụng cứu viện, Vương Kha nhanh chóng phải đầu hàng, Chu Toàn Trung giành được quyền kiểm soát Hộ Quốc. Mặc dù sau đó Lý Khắc Dụng đề nghị hòa bình, song Chu Toàn Trung vẫn quyết định tiến công Hà Đông. Chu Toàn Trung bao vây trị sở của Hà Đông là thành Thái Nguyên, song vì thời tiết khắc nghiệt nên Chu Toàn Trung sớm phải từ bỏ việc bao vây. Không lâu sau, Đường Chiêu Tông bổ nhiệm ông giữ chức tiết độ sứ của bốn quân: Tuyên Vũ, Tuyên Nghĩa, Thiên Bình và Hộ Quốc.[28]

Trong khi đó, tại Trường An, các hoạn quan lập một liên minh vững chắc hơn với Phượng Tường[chú 41] tiết độ sứ Lý Mậu Trinh, chuẩn bị có hành động chống lại Thôi Dận (vì Thôi Dận có ý muốn đồ sát các hoạn quan). Thôi Dận lo sợ, viết thư cho Chu Toàn Trung và nói rằng các hoạn quan đang lên kế hoạch cùng Lý Mậu Trinh tiến công Chu Toàn Trung. Sau đó, Chu Toàn Trung chuẩn bị hành quân đến Trường An, các hoạn quan hay tin thì quyết định bắt Đường Chiêu Tông cùng hoàng gia, đưa đến Phượng Tường cùng với họ.[28]